شما در بازی نقش Mike Thorton را بازی میکنید , یک مامور ماهر ضربت که در ماموریتی به نام کد Alpha Protocol شرکت میکند و به عربستان فرستاده میشود برای اولین ماموریت جاسوسی خود برای کسب اطلاعات بیشتر از یک اتفاق که در اول سال 2010 رخ میدهد و یک هواپیمای تجاری در شرق اروپا سقوط میکند و سرنشینان آن همگه کشته میشوند , ابتدا گفته میشود که موشک آمریکایی به هواپیما برخورد کرده اما مسولان آمریکایی این ادعا را تکذیب میکنن , بخاطر همین Mike بخاطر حرفه ای بودنش برای این ماموریت یک مهره کلیدی بشمار می آید . البته کارکتر اصلی بازی یعنی Mike Thorton کاملا قابل تغییر میباشد و شما میتوانید هر نوع چهره ای برای وی بسازید . در طول مسیر داستان بازی شما با بیش از 20 کارکتر اصلی بازی برخورد خواهید کرد , از طریق پست الکترونیکی , تلفن ویا رو در رو , هرکدام از این کارکتر ها میتوانند دوست یا دوشمن شما بشوند و انتخاب با شماست و شعار این بازی هم همین است که سلاح شما انتخاب شماست , و دوستی یا دشمنی شما با هر کارکتر در طول بازی در داستان بازی تاثیر مستقیم خواهد داشت
